将 paired count 和unpaired count 相加

尝试 count-based 算表达量过后，因为在map这一步一直是把过滤过后的paired 和unpaired reads 一起做的，后面count的时候就要出问题。发现可以用 samtools 从 bam 里分出来，于是就分开count，最后把reads 数相加。在用DESeq什么的。

首先，记下 samtools 命令

samtools view -bf  -1 all.bam > paired.bam
samtools view -bF -1 all.bam > unpaired.bam

然后是用上次那个提取1，6列的程序，现在就相加：

def readf(filename):
lines = open(filename,'r').readlines()
s=[]
for i in lines:
i=i.rstrip('\n')
i_ = i.split('\t')
s.append(i_[1])
return s

s_unpaired=readf("unpaired.txt")
print(s_unpaired)
f=open('paired.txt','r')
file=open('out.txt','w')
i=0
head='Geneid\tcount\n'
file.write(head)
for lines in f.readlines():
lines=lines.rstrip('\n')
line=lines.split('\t')
#print(line[0])
if(i>0):
line[1]=int(line[1])+int(s_unpaired[i])
print(line)
final=line[0]+'\t'+str(line[1])
file.write(final+'\n')
i+=1
file.close