超算上安装python+HTSeq+numpy+easy_install

之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达，想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果，也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包，需要numpy，没有root权限，半天搞不好。记录下：

1.下载HTSeq

下载

传到主机上，python setup.py build 出错。

2.直接非root权限安装一个python

首先在软件列表文件夹下

mkdir python-2.7

cd python-2.7

下载python-2.7.10 传至当前文件夹

cd python-2.7.10

./configure --prefix=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7

make
make install

然后就会在python-2.7这个文件下面生成目录bin

修改.bashrc文件

添加:

PYTHONDIR=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7/bin
export PATH=$PYTHONDIR:$PATH

执行.bashrc

source 和 . 是一样的

安装成功，现在python是自己的。

3.安装easy_install

下载ez_setup.py

然后python ez_setup.py build

提示https://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-8.0.4.zip这个setuptools没下到，不知道是不是超算联网的原因。直接打开这个网页，下载好setuptools-8.0.4.zip
没解压放到python-2.7文件夹下面。

重新执行 python ez_setup.py build

OK!

python ez_setup.py install

安装在自己的python下面。出现了easy_install

然而，试了下

easy_install numpy 并没有成功，easy_install放着不动。

4.安装numpy

下载numpy

python setup.py build
python setup.py install

想想一开始就在装numpy，半天没弄好的原因，应该就是没有install吧，靠。

5.然后cd HTSeq

python setup.py build
python setup.py install

OK!

python-2.7/bin下出现了htseq-count 和 htseq-qa