学习记录:python 编程-批量将dicom格式转变为jpg格式图片(详细解释)
部署环境
import SimpleITK as sitk import numpy as np import cv2 import os import time from PIL import Image`
先放全套代码
count = 1 path = "/Users/pingguogongyongji1/Desktop/test" filename = os.listdir(path)print filename for i in filename: document = os.path.join(path,i) outputpath = "/Users/pingguo/Desktop/output/" countname = str(count) countfullname = countname + '.jpg' output_jpg_path = os.path.join(outputpath,countfullname) def convert_from_dicom_to_jpg(img,low_window,high_window,save_path): lungwin = np.array([low_window*1.,high_window*1.]) newimg = (img-lungwin[0])/(lungwin[1]-lungwin[0]) newimg = (newimg*255).astype('uint8') cv2.imwrite(save_path, newimg, [int(cv2.IMWRITE_JPEG_QUALITY), 100]) if __name__ == '__main__': ds_array = sitk.ReadImage(document) img_array = sitk.GetArrayFromImage(ds_array) shape = img_array.shape#name.shape img_array = np.reshape(img_array, (shape[1], shape[2])) high = np.max(img_array) low = np.min(img_array) convert_from_dicom_to_jpg(img_array, low, high, output_jpg_path) print('FINISHED') count = count + 1
先说一下大体结构
主体是个for循环
因为要对批量遍历导入的目标dicom文件挨个处理
输出文件名(包括路径)的话,用一个简单的计数器即可搞定
def convert_from_dicom_to_jpg(img,low_window,high_window,save_path):
这是定义了一个函数convert_from_dicom_to_jpg,有四个可输入值的口
先说一下这个包含最关键动作的函数吧
lungwin = np.array([low_window*1.,high_window*1.]) newimg = (img-lungwin[0])/(lungwin[1]-lungwin[0]) #归一化 newimg = (newimg*255).astype('uint8') #将像素值扩展到[0,255] cv2.imwrite(save_path, newimg, [int(cv2.IMWRITE_JPEG_QUALITY), 100])
前三行就不说了:归一化和线性调整灰度值到0~255,数据类型转换astype
cv2.imwrite函数!将矩阵保存为jpeg或png格式
有三个参数可以输入:
第一个输入路径,这里要注意,路径得包含后缀名!
比如:path=/Users/pingguo/Desktop/test/1
这样是不行的,我曾在这里绊倒过
正解:
path=/Users/pingguo/Desktop/test/1.jpg
第二个是输入矩阵啊
就是含有文件内容数值的矩阵变量
第三个是不同文件的调整
jpeg的话是控制一下图片的质量,默认是95,0~100越高越好
png的话是压缩级别,0~10,级别越高图像越小
convert_from_dicom_to_jpg(img_array, low, high, output_jpg_path)
在此处运行该函数
往下走看到这个if语句
if __name__ == '__main__':
一般老练有经验的会写一句这样的控制如何运行python脚本的语句
当该模块被直接运行时,才可以运行以下语句
当模块被import到其他模块中,被if判断识别出来,中断运行
but whatever 它对你转换格式影响不大
img_array = np.reshape(img_array, (shape[1], shape[2])) #获取array中的height和width
这里有个reshape函数
全称是numpy.reshape来自numpy库
执行的动作是将一个矩阵reshape
比如,36的矩阵reshape成29的
当然前提是不改变矩阵大小
跳出中间部分,回到一开始的dicom文件路径和output jpg图片路径
这是很关键的一个地方
filename = os.listdir(path)
可以看到第三行使用了个os.listdir函数
这个函数可以列出路径下所有文件的文件名,并传递给filename变量
如果你的PC和我一样是mac.os,那这里要注意了!
它遍历当前路径时会读取一个奇怪的东西:.DS_Store
然而我翻到目标文件夹查看并没有这个文件
搜一下才知道这是Finder 用来存储这个文件夹的显示属性的
总之没用且影响我们干活!
删!
打开terminal
cd 目标路径
rm .DS_Store
alright!
可见for循环里有个路径拼接函数
output_jpg_path = os.path.join(outputpath,countfullname)
这可不是简单的字符串拼接,它会在括号里面的变量间加/
也就是说你千万不能
outputpath = "/Users/pingguo/Desktop/output/" countname = '1' formatname = ‘.jpg’ output_jpg_path = os.path.join(outputpath,countname,formatname)
这样输出一下output_jpg_path就是
/Users/pingguo/Desktop/output/1/.jpg
所以正解就是先用个拼接语句,将他们拼成一个变量
outputpath = "/Users/pingguo/Desktop/output/" countname = '1' countfullname = countname + '.jpg' output_jpg_path = os.path.join(outputpath,countfullname)
你也许注意到了
countname = str(count)
这是个强制类型转换
注意我们原来的count变量可是个数值,可不是字符串
需要转换一下类型
that’s all
搬砖愉快~
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