python练习题2 从两个DNA序列中找到突变位点的数量
2017-11-13 20:37
513 查看
题目网址在这里:http://rosalind.info/problems/hamm/
我对这道题的思路,用readlines()将两条序列的序列信息分别保存在两个变量中,然后再一一比对,比较适合这道题。但如果序列长度较长,行数较多,可能并不适用。
这是我的代码,可以参考下。
#_*_ coding: utf-8 _*
file = open('E:\\bioinfo\study\data\\text6.txt', 'r')
seq = file.readlines()
seq1, seq2 = seq[0].strip(), seq[1].strip()
mutation = [i for i in range(len(seq1)) if seq1[i] != seq2[i]]
print len(mutation)
我对这道题的思路,用readlines()将两条序列的序列信息分别保存在两个变量中,然后再一一比对,比较适合这道题。但如果序列长度较长,行数较多,可能并不适用。
这是我的代码,可以参考下。
#_*_ coding: utf-8 _*
file = open('E:\\bioinfo\study\data\\text6.txt', 'r')
seq = file.readlines()
seq1, seq2 = seq[0].strip(), seq[1].strip()
mutation = [i for i in range(len(seq1)) if seq1[i] != seq2[i]]
print len(mutation)
相关文章推荐
- python练习题1 计算多个DNA序列中,GC比最高的序列
- 利用Python【Orange】结合DNA序列进行人种预测
- python求两个序列的最小的和
- python 两个序列随机移位
- 每天一道LeetCode-----一个整数序列,每个元素出现两次,只有一个(两个)出现一次,找到这个(这两个)元素
- Python实现在给定整数序列中找到和为100的所有数字组合
- 【python】实例-把两个无规则的序列连接成一个序列,并删除重复的元素,新序列按照升序排序
- Problem Description 有一个长度为n(n<=100)的数列,该数列定义为从2开始的递增有序偶数,现在要求你按照顺序每m个数求出一个平均值,如果最后不足m个,则以实际数量求平均值。编程输出该平均值序列。 Input 输入数据有多组,每组占一行,包含两个正整数n和m,n和m的含义
- 给定两个字符串和一个字典,从头到尾找到最短变换序列的长度,使得:一次只能改变一个字符每个中间词必须存在于字典中
- 利用Python【Orange】结合DNA序列进行人种预测
- perl应用:SNP的提取(2):从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl
- 一个无序自然数序列有N个自然数,快速找到二者之和为M的两个整数并输出
- python练习题5 寻找序列中的motif
- Python算法题----在列表中找到和为s的两个数字
- 面试题:给定一个数组,数组中只包含0和1。请找到一个最长的子序列,其中0和1的数量是相同的
- 使用python提取蛋白质序列的相似位点
- 一个无序整数数组中找到最长连续序列(Longest Consecutive Sequence)和两个元素使得相差最小
- 利用Python【Orange】结合DNA序列进行人种预测
- leetcode 找到树中距离最大的两个结点,Python实现
- Python算法题----在列表中找到和为s的两个数字