获取指定位置序列
2016-09-17 11:27
183 查看
负号表示反向序列,并且start and end 的位置是序列反向互补之后的位置
代码
Name strand start end total_length UN000226 -2 1088 1411 1431 UN073473 3 861 1082 1158 UN082299 -1 838 1014 1105 UN064320 2 791 1006 1150 UN070736 -3 780 1271 1293 UN070422 2 776 955 1361 UN022140 2 758 1135 1235 UN215439 1 718 891 1044
代码
# encoding: utf-8 from Bio import SeqIO record_dict = SeqIO.index('2.fa', "fasta") name = open('1.txt', 'r') for lines in name: lines = lines.strip().split() if lines[0] in record_dict.keys(): if int(lines[1][0]) >= 0: print('>%s\n%s' % (lines[0], record_dict[lines[0]][int(lines[2]):int(lines[3])].seq)) else: print('>%s\n%s' % (lines[0], record_dict[lines[0]].seq.reverse_complement()[int(lines[2]):int(lines[3])]))
相关文章推荐
- 用 Javascript 获取指定页面元素的位置
- 用Javascript 获取指定页面元素的位置
- 获取单链表中的指定位置的元素
- C#,.net获取字符串中指定字符串的个数、所在位置与替换字符串
- 获取字符串中指定字符最后一次出现的位置
- 获取字符串中的指定位置的子字符串
- JavaScript获取指定元素位置的方法
- select标签,获取数据库中的值作为option. 修改时定位在指定位置
- 请用charAt获取javascript获取字符串指定位置字符
- string字符串 获取指定位置范围的子字符串
- WinAPI: GetPixel - 获取设备环境中指定位置的颜色
- 获取类似于<item value='1' name='测试'/> 中指定位置的value,name的值
- 获取指定元素的位置并提示信息
- 注册表获取exe位置+ Process类启动exe+参数让exe打开指定文件
- JAVA 如何获取Vector变量中指定位置的元素
- 用 Javascript 获取指定页面元素的位置
- 利用xml在指定分隔符的情况下获取指定数据项的指定位置的串
- 获取指定位置的颜色值
- 获取DataTable中指定位置开始的数据行
- 获取类似于<item value='1' name='测试'/> 中指定位置的value,name的值