通过blast结果选择完全overlap的序列
2016-09-17 11:32
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根据blast结果选择完全overlap的序列,此时没有考虑identity的高低
Query Target overlap_length identity Query_length Target_length Percent Q_start Q_end T_start T_end strand UN065663 maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN149109-augustus-gene-0.4-mRNA-1 225 97.8% 697 225 32.3% 285 566 0 225 - UN065663 maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN133597-augustus-gene-0.4-mRNA-1 225 97.8% 697 225 32.3% 285 566 0 225 - UN065663 maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN130225-augustus-gene-0.4-mRNA-1 225 97.8% 697 225 32.3% 285 566 0 225 - UN065663 maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN065663-augustus-gene-0.4-mRNA-1 225 97.8% 697 225 32.3% 285 566 0 225 - UN174588 maker-lcl|TGACv1_scaffold_404116_5BL_UN174588-augustus-gene-0.4-mRNA-1 132 98.5% 557 369 23.7% 418 557 0 138 + UN076257 maker-lcl|TGACv1_scaffold_361864_4DS_UN076257-exonerate_est2genome-gene-0.0-mRNA-1 4000 225 100.0% 450 225 50.0% 164 389 0 225 - UN076257 maker-lcl|TGACv1_scaffold_361864_4DS_UN059899-exonerate_est2genome-gene-0.0-mRNA-1 225 100.0% 450 225 50.0% 164 389 0 225 -
# encoding: utf-8 with open('1.txt', 'r') as f: for line in f: lin = line.strip().split() if lin[-1] == '-': if lin[9] == '0' and lin[10] == lin[5]: print line, if lin[7] == '0' and lin[8] == lin[4]: print line, if lin[10] == lin[5] and lin[8] == lin[4]: print line, if lin[9] == '0' and lin[7] == '0': print line, elif lin[-1] == '+': if lin[9] == '0' and lin[10] == lin[5]: print line, if lin[7] == '0' and lin[8] == lin[4]: print line, if lin[10] == lin[5] and lin[7] == '0': print line, if lin[9] == '0' and lin[8] == lin[4]: print line, else: print line,
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