用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上
2016-07-07 11:47
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nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat2 -p 8 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fastq_filtered_trimmed &
详情参见
http://blog.sciencenet.cn/u/nsaa001
结果会在tophat_output 文件夹里面生成 accept_hits.bam 文件将mapping上的reads合成为转录组数据
nohup cufflinkss -g /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o cufflinks_sample -p 16 accepted_hits.bam &
会在cufflink_sample 中输出4个文件
genes.fpkm_tracking isoforms.fpkm_tracking skipped.gtf transcripts.gtf
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