window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq

并将fastq转换成fasta文件

1.ncbi下载sra文件
ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR002/SRR002644/SRR002644.sra ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR003/SRR003161/SRR003161.sra
2.下载sra装fastq文件：
http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
3.sra装fastq文件

window下：

打开cmd

d:

再cd到目录

执行：

fastq-dump SRR002644

和

fastq-dump SRR003161

转换时间很长，特别是第二个

fastq=》fasta：

awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta

4.下载