rhel6.3红帽Linux 64位系统安装R语言全解析

日期：20140809,由于r和Linux以及相关镜像的升级地址会改变，这里表述的是目前的状态

系统：VMware Workstation10 + Red Hat Enterprise Linux 6 64 位 （ red red ）

环境：R-3.1.1.tar.gz

路径：装的位置为： /home/red/R

这里都是在线安装的过程，可以保存下yum的包，以后就不用在线安装了

在线装好后会有一段时间的404，等一会网络好了就没事了

重要：

http://mirrors.163.com/centos/

http://cran.r-project.org/

第一、R的安装过程

R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。

官方网站：
http://www.r-project.org/
Windows下面有直接的安装包，直接下载安装很方便，但是对于刚出的CentOS6.0上不能直接通过yum 安装R，需要自己编译。

下载页面：
http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/
在编译R之前，需要通过yum安装以下几个程序：

（这之前或者有：yum install gcc）

#yum install gcc-gfortran #否则报”configure: error: No F77 compiler found”错误

#yum install gcc gcc-c++ #否则报”configure: error: C++ preprocessor “/lib/cpp” fails sanity check”错误

#yum install readline-devel #否则报”–with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”错误

#yum install libXt-devel #否则报”configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”错误

然后下载源代码,编译

#cd

#wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
#tar zxvf R-3.1.1.tar.gz

#cd R--3.1.1

#./configure

（

可能以后用到：

如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib

./configure --enable-R-shlib --prefix=/usr/R-3.0.1

）

#make

#make install

即可完成编译安装。

#配置环境变量

vi .bash_profile

PATH=/home/red/R/R-3.1.1/bin

#两个测试：这里目录是原址，仅供参考

1.测试：创建脚本(t.R)

cd /opt/script/R

vim t.R

#!/path/to/Rscript #第一行

x<-c(1,2,3) #R语言代码

y<-c(102,299,301)

model<-lm(y~x)

summary(model)

2.测试：执行脚本

R CMD BATCH --args /opt/script/R/t.R

more /opt/script/R/t.Rout #查看执行的结果

或者第二种方式

Rscript /opt/script/R/test.R #结果直接输出到终端

from:

1.http://blog.csdn.net/qibaoyuan/article/details/6827352

2.http://blog.itpub.net/21711990/viewspace-1114418/

3.http://www.myexception.cn/linux-unix/680876.html

4.http://blog.sina.com.cn/s/blog_6dd65c6f0100y793.html

第二、问题来了 yum 不管用！咋办？

#简单的过程

1、删除原有的yum:

rpm -aq | grep yum | xargs rpm -e –nodeps

2、安装新的yum

《1》rpm –ivh http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm
注：python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm这个版本可能随着包的更新导致在这个地址上不一定存在，可输入http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages（CentOS6），这个页上面有具体包列表，查找python-iniparse的包，修改为正确的地址即可。下面几步和这一步相似。

《2》 rpm -ivh http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm
《3》 rpm -ivh http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm

注：这是两个rpm包

《4》cd /etc/yum.repos.d/

#这里需要清空yum仓库

《5》wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS6-Base-163.repo
《6》sed -i "s/\$releasever/6/" CentOS6-Base-163.repo

#这个语法指的是把文件CentOS6-Base-163.repo（下载下来是个模板）里面所有的$releasever全部替换为你得版本号即：6，注意空格

《7》yum makecache

#详细的解答，这里的路径是不准确的参照上方即可

1.删除redhat 原有的yum

rpm -aq|grep yum|xargs rpm -e --nodeps

2.下载yum 安装文件

Wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm
3.安装yum 软件包

(1)rpm -ivh python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm

(2)rpm -ivh yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm

(3) 两个一起安装先后顺序不要乱(中间50%正常)

rpm -ivh yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm

4、更改yum源 #我们使用网易的CentOS镜像源

(1)清空yum仓库

# cd /etc/yum.repos.d/

#rm -rf *

(2)设置源

# wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS6-Base-163.repo
# vi CentOS6-Base-163.repo

编辑文件，把文件里面所有的$releasever全部替换为你得版本号，即6.4 最后保存！或者直接把下面的内存拷贝到CentOS6-Base-163.repo文件中即可（已经修改好）

#################################################################

# CentOS-Base.repo

#

# The mirrorsystem uses the connecting IP address of the client and the

# update status ofeach mirror to pick mirrors that are updated to and

# geographicallyclose to the client. You should use thisfor CentOS updates

# unless you aremanually picking other mirrors.

#

# If the mirrorlist=does not work for you, as a fall back you can try the

# remarked outbaseurl= line instead.

#

[base]

name=CentOS-6.4 -Base - 163.com

baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/$basearch/

#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=os

gpgcheck=1

gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#released updates

[updates]

name=CentOS-6.4 -Updates - 163.com

baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/updates/$basearch/

#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=updates

gpgcheck=1

gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#additionalpackages that may be useful

[extras]

name=CentOS-6.4 -Extras - 163.com

baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/extras/$basearch/

#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=extras

gpgcheck=1

gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#additionalpackages that extend functionality of existing packages

[centosplus]

name=CentOS-6.4 -Plus - 163.com

baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/centosplus/$basearch/

#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=centosplus

gpgcheck=1

enabled=0

gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#contrib -packages by Centos Users

[contrib]

name=CentOS-6.4 -Contrib - 163.com

baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/contrib/$basearch/

#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=contrib

gpgcheck=1

enabled=0

gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6

#####################################################################

5、清理yum缓存

# yum clean all

# yum makecache #将服务器上的软件包信息缓存到本地,以提高搜索安装软件的速度

# yum installvim* #测试域名是否可用

构建数据源基本资料

yum repolist all

(如果这时运行正常，且enabld字段为1,那么表示yum源配置成功了)
至此，Redhat6可以使用CentOS的yum源在线安装软件了！

6.使用 # yum update

或 # yum upgrade 升级系统

注：两个命令区别：

# yum update

升级所有包，改变软件设置和系统设置,系统版本内核都升级

# yum -y upgrade

升级所有包，不改变软件设置和系统设置，系统版本升级，内核不改变

from:

1.http://www.2cto.com/os/201304/205588.html

2.http://www.2cto.com/os/201312/265042.html

3.http://www.cnblogs.com/mailingfeng/archive/2012/09/01/2666745.html

4.http://zhidao.baidu.com/link?url=hDZVtr-icKFpg7Jfi84I1Lwf67EQn258fvwMnO_RQa_i_voYkd8b7iA1WmwUkNG5mKWiJdZUTsxeOpBatMFBua

#其他安装注意：

1.替换yum数据源的过程中/etc/yum.repos.d/：

首先备份/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo

mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup

下载对应版本repo文件, 放入/etc/yum.repos.d/(操作前请做好相应备份)

CentOS5
CentOS6

运行以下命令生成缓存

yum clean all
    yum makecache

2.

Linux中“is not in the sudoers file”解决方法

其实就是没有权限进行sudo，解决方法如下（这里假设用户名是cuser）：

1.切换到超级用户：$ su

2.打开/etc/sudoers文件：$vi /etc/sudoers

3.修改文件内容：按 “i” 进去编辑状态

找到“root ALL=(ALL) ALL”一行，在下面插入新的一行，内容是“xxx ALL=(ALL) ALL”，然后按“Esc”，按”：“，滞后键入命令“wq!”保存并退出。

注：这个文件是只读的，不加“!”保存会失败。

4.退出超级用户：$ exit

5.可以尽情使用sudo了。
3.can't create transaction lock on /var/lib/rpm/.rpm.lock 错误

错误原因：权限问题

解决方法：在终端输入“su”和密码，登录root，以root身份登录就不会有提示

4.

更改CentOS yum 源为163的源中使用

移动文件或目录，或是更改其名称使用：mv

from:

1.http://mirrors.163.com/.help/centos.html

2.http://blog.csdn.net/inkfish/article/details/5168676

2.2 http://www.2cto.com/os/201302/189692.html
3.http://blog.csdn.net/leeafu/article/details/7449353

4.http://blog.csdn.net/fengyifei11228/article/details/8499932

#理解入门的过程

摘要：如果我们刚刚安装了RedHat系统，当我们安装软件源或者进行更新的时候，将会出现如下提示：“Unable to read consumer identity”。很显然，这个提示告诉你，yum没有读取到你的用户id。如果想使用redhat同时不想花费几千元注册系统，我们可以使用CentOS的源来替代。

1.注册系统给我们提供了什么？

如果我们点击系统的RHN，会提示注册系统的种种好处：

1）从官方获得软件源

2）免费或者系统的安装镜像和升级

3）系统故障以后，有专门的维护人员来协同我们处理

对于大部分人员，我们往往只关系，系统能否正常安装软件就够了。而redhat上yum的机理是这样的，通过yum读取配置文件/etc/yum.repos.d/file.repo，通过里面提供的网址，到相应站点下载rpm软件包，然后调用底层的rpm程序进行安装。其中，在下载环节，需要提供consumer id。从理论上说，只要我们不到官方网站上下载软件，就能够避免注册问题。

2.一个可以替代的站点：centos

我们都知道，redhat是一个商用的OS，但是它是开放源代码的。所以，社区会将redhat的源代码进行重新编译，然后去掉redhat的商标，进行发布，这就是centos。对于一般用户而言，可以认为：centos和redhat是相同的。因此，我们可以到centos对应的站点来下载软件源。国内一些网站，比如网易163提供一些开源软件的下载地址，我们可以将软件源改成国内的。

进入到 /etc/yum.repos.d, 其中有个rhel-source.repo, 先改名为rhel-source.repo.bak,做个备份

然后新建个 rhel-source.repo

内容如下:~~

from:

1.http://www.linuxidc.com/Linux/2013-12/93375.htm

2.http://www.linuxidc.com/Linux/2010-12/30773.htm

待续：

保留 yum 下载的软件包