MPI并行计算环境搭建以及集群测试

MPI作为一种通过消息传递进行并行计算的框架，在很多科学计算上有很重要的应用，这次因为GraphLab环境搭建时的需要，花了三个来小时的时间进行了初步的搭建摸索，感觉很有意思！
首先是单机MPI安装

1.安装之前

因为是集群测试，所以跟hadoop一样先要设置ssh无密钥登录（可以参考这里），我这里用的是一个服务器节点和一台虚拟机。

上面给出的链接里对ssh无密钥登录设置说的很清楚。

2.开始安装

源码下载地址，这里我用的是1.0.8（mpich命名很怪气，明明是v2，它却命名是1，无力吐槽）

mpich2-1.0.8.tar.gz

单机安装很简单

#tar -zxvf mpich2-1.0.8.tar.gz#./configure (我让它默认安装到/usr/local/bin下，不需要设置安装路径)#make#make install
注意：对于集群的每一个机器都要安装，当然你如果用NFS挂载也可以，我没这样用。

安装完成之后最重要的一步有人说是设置环境变量，其实你默认安装路径的话，这个变量设置与否无所谓的。因此最重要的一步是创建配置文件（mpd.conf）。

#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf#echo secretword=myword >> /etc/mpd.conf
到此为止，单机安装就算完成了，可以进行单机测试

# mpd &
[1] 4457
# mpdtrace
vm4
# mpdallexit
3.集群部署

集群部署就多一步，只需要在主机种创建集合文件（mpd.hosts），文件地方无所谓，内容为集群的hostname列表。

node9 #主服务器vm4 #子节点
在主机中测试部署是否成功：

# mpdboot -n 2 -f /root/mpd.hosts
# mpdtrace
node9
vm4
说明部署成功。

4.样例测试

icpi是已经经过编译的可执行文件，用于计算pi的值。（注意这里服务器和子节点中icpi放的地方要相同）

单机：

# ./icpi
Enter the number of intervals: (0 quits) 10000000000
pi is approximately 3.1415926535895782, Error is 0.0000000000002149
wall clock time = 45.378959
Enter the number of intervals: (0 quits) 1000
pi is approximately 3.1415927369231227, Error is 0.0000000833333296
wall clock time = 0.000149
集群：

[root@node9 wyztest]# mpiexec -n 2 ./icpi
Enter the number of intervals: (0 quits) 10000000000
pi is approximately 3.1415926535895737, Error is 0.0000000000002194
wall clock time = 22.696655
Enter the number of intervals: (0 quits) 0Enter the number of intervals: (0 quits) 1000
pi is approximately 3.1415927369231254, Error is 0.0000000833333322
wall clock time = 0.001589
测试结果表明：对于间隔比较大时，明显集群快，但是间隔很小时，由于消息传递机制本身会耗时，因此集群效率不如单机。
部分参考资料链接：
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5daeb2750100z3qx.html http://blog.csdn.net/logwt/article/details/7325314 http://www.cnblogs.com/lyq105/archive/2010/06/01/1749515.html http://blog.csdn.net/ngvjai/article/details/8000045 补充：（可能会出现的问题，这是我在再次部署的时候出现的问题，第一次部署的时候太顺利了，因此没有出现问题，第二次再部署的时候出现了如下四个问题。）

问题1

/usr/local/bin/mpdlib.py:8: DeprecationWarning: The popen2 module is deprecated. Use the subprocess module.
import sys, os, signal, popen2, socket, select, inspect
/usr/local/bin/mpdlib.py:15: DeprecationWarning: the md5 module is deprecated; use hashlib instead
from md5 import new as md5new
原因：python版本太高了，python2.6开始都不支持popen2模块，转而用subprocess模块代替，因此会出现这个错误。

解决办法是降低python的版本，转到python2.5之后就可以了。（源码下载）

问题2

#ssh node2ssh: node2: Temporary failure in name resolution#ssh 192.168.169.2 则成功
原因：/etc/hosts中配置不完全

解决办法：两端都需要配置如下：

192.168.168.9 node9
192.168.169.2 node2
问题3

[root@node9 source]# mpdboot -n 2 -f /root/mpd.hosts
mpdboot_node9 (handle_mpd_output 401): failed to connect to mpd on node2
原因：防火墙的问题，node2中防火墙禁止node9进行mpd连接

解决办法：我直接将node2中端口关掉了

[root@node2 .ssh]# iptables -F
[root@node2 .ssh]# iptables -L
Chain INPUT (policy ACCEPT)
target prot opt source destination

Chain FORWARD (policy ACCEPT)
target prot opt sourc
http://wuyanzan60688.blog.163.com/blog/static/12777616320132452036223/