R Markdown 使用方法笔记
2017-12-26 11:32
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记录一些R Markdown中与一般的Markdown不同的用法。
对于图像,可以通过
使用
表格输出设置:
如果在某个特定代码块中需要不一样的设置,可以单独设置该代码块,如:
在给合作者的报告中,可能会使用
又比如:
在R Markdown中,行内代码以
注意:要确保行内代码没有跨行。
在R Markdown文档开头,编写如下一段代码:
那么,文档的结尾会包含格式化的标题、作者名和日期。
甚至是R代码:
使用TRUE/FALSE 而不是true/false
[参考文献]:
1. http://kbroman.org/knitr_knutshell/pages/Rmarkdown.html
2. https://yihui.name/knitr/options/#package_options
3. http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_rcodechunks.html
1.代码块设置
echo=FALSE最终的文档中不会显示代码,只会显示代码运行的结果和图像
results="hide"隐藏结果,显示图像
include=FALSE隐藏代码和运行的输出(写报告时可使用
include=FALSE来隐藏所有的代码,从而突出图像。)
fig.show="hide"隐藏图像
对于图像,可以通过
fig.width和
fig.height来设置宽和高,举例:
```{r scatterplot, fig.width=8, fig.height=6} plot(x,y)
使用
include=FALSE隐藏所有的代码、结果和图像,同时使用
include=TRUE和
results="hide"则会隐藏结果显示图像
eval=FALSE显示代码而不显示运行结果
表格输出设置:
```{r, results='asis'} knitr::kable(mtcars)
2.全局代码块设置
避免每次使用代码块都重复敲代码来设置代码块,可按如下设置初始代码块:```{r global_options, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=8, fig.path='Figs/', echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE)
warning=FALSE和
message=FALSE最终文档中不会显示R软件任何的提示信息,
fig.path='Figs/'把图片保存在Figs子文件夹中(默认情况下图片不会被保存,注意Figs后面的斜线“/”不可少,否则图片会以Figs为文件名开头被保存在主目录中)。
如果在某个特定代码块中需要不一样的设置,可以单独设置该代码块,如:
```{r a_taller_figure, fig.height=32} par(mfrow=c(8,2)) for(i in 1:16) plot(x[,i], y[,i])
在给合作者的报告中,可能会使用
include=FALSE, echo=FALSE作为全局设置,生成图像时使用
include=TRUE,这样可以只输出图像。
3.行内代码(In-line code)
在报告中不要写成“There are 168 individuals.” 可以插入一点代码,比如:There are `r nrow(my_data)` individuals.
又比如:
The estimated correlation between x and y was `r cor(x,y)`.
在R Markdown中,行内代码以
`r 和`来表示,两者间的代码会运行并显示结果。
注意:要确保行内代码没有跨行。
4.YAML header
YAML 是一种用于指定数据的简洁的文本格式, 与JSON有些类似但可读性更强。在R Markdown文档开头,编写如下一段代码:
--- title: "An example Knitr/R Markdown document" author: "Karl Broman" date: "3 Feb 2015" output: html_document ---
那么,文档的结尾会包含格式化的标题、作者名和日期。
author: "[Karl Broman](http://kbroman.org)"
甚至是R代码:
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document将RMD转化为html,
pdf_document或者
word_document分别转为PDF和Word .docx文件。
5.其他关于代码块设置的代码问题
必须写在一行内,不含空格和句点,可以使用-和_fig.path="abc"而不是
fig.path=abc, and
out.width='\\textwidth'而不是
out.width=\textwidth
使用TRUE/FALSE 而不是true/false
[参考文献]:
1. http://kbroman.org/knitr_knutshell/pages/Rmarkdown.html
2. https://yihui.name/knitr/options/#package_options
3. http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_rcodechunks.html
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