21款生物信息在线分析工具汇编
2017-06-15 19:36
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1,promoter scan
功能:启动子预测
网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
2,ORF finder
功能:ORF预测
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
3,NCBI-BLAST
功能:序列比对
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
4,MUSCLE
功能:运行速度比较快的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
5,CLUSTAL OMEGA
功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
6,CLUSTALW2
功能:应用较广泛的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
7,T-COFFEE
功能:准确度高,速度慢的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/
8,SimiTriX-SimiTetra
功能:多序列比对相似性展示
网址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
9, Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://www.biovenn.nl/index.php
10. Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl
11,Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
12,WEGO
功能:绘制GO注释结果图
网址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
13. CIRCOS
功能:绘制圈图
网址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
14.CIRCexplorer
功能:进行circRNA分析
网址:http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/
15.iPath
功能:进行可视化通路图在线分析
网址:http://pathways.embl.de/
16.KEGG
功能:进行基因的代谢通路注释
网址:http://www.kegg.jp/blastkoala/
17.UCSC
功能:进行基因组可视化
网址:http://genome.ucsc.edu/index.html
18.IBS
功能:进行序列结构示意图绘制
网址:http://ibs.biocuckoo.org/online.php
19.RAP
功能:在线分析RNA-seq
网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/
20.AUGUSTUS
功能:基因外显子内含子,UTR,注释
网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create
21.GSDS
功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示
网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
功能:启动子预测
网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
2,ORF finder
功能:ORF预测
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
3,NCBI-BLAST
功能:序列比对
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
4,MUSCLE
功能:运行速度比较快的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#
5,CLUSTAL OMEGA
功能:DNA、RNA、蛋白的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
6,CLUSTALW2
功能:应用较广泛的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
7,T-COFFEE
功能:准确度高,速度慢的多序列比对
网址:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/
8,SimiTriX-SimiTetra
功能:多序列比对相似性展示
网址:http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
9, Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://www.biovenn.nl/index.php
10. Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl
11,Venn图
功能:绘制Venn图
网址:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
12,WEGO
功能:绘制GO注释结果图
网址:http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl
13. CIRCOS
功能:绘制圈图
网址:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
14.CIRCexplorer
功能:进行circRNA分析
网址:http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/
15.iPath
功能:进行可视化通路图在线分析
网址:http://pathways.embl.de/
16.KEGG
功能:进行基因的代谢通路注释
网址:http://www.kegg.jp/blastkoala/
17.UCSC
功能:进行基因组可视化
网址:http://genome.ucsc.edu/index.html
18.IBS
功能:进行序列结构示意图绘制
网址:http://ibs.biocuckoo.org/online.php
19.RAP
功能:在线分析RNA-seq
网址:https://bioinformatics.cineca.it/rap/
20.AUGUSTUS
功能:基因外显子内含子,UTR,注释
网址:http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create
21.GSDS
功能:基因外显子内含子,UTR,domain等区域特征展示
网址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
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