FastQC 质控软件的下载及使用方法(一)
2017-06-09 15:52
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当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是FastQC。
FastQC的官网:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
FastQC的下载地址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
选择最新版本下载,地址为:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
linux命令:nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 1>fastqc.o 2>fastqc.e
得到压缩包:fastqc_v0.11.5.zip
解压:unzip fastqc_v0.11.5.zip
进入FastQC
查看help文档:fastqc -h
增加可执行权限:chmod 754 fastqc
无需编译,直接运行
运行命令:fastqc -f fastq -o result/ clean_r1.fq clean_r2.fq
FastQC的官网:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
FastQC的下载地址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
选择最新版本下载,地址为:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
linux命令:nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 1>fastqc.o 2>fastqc.e
得到压缩包:fastqc_v0.11.5.zip
解压:unzip fastqc_v0.11.5.zip
进入FastQC
查看help文档:fastqc -h
增加可执行权限:chmod 754 fastqc
无需编译,直接运行
运行命令:fastqc -f fastq -o result/ clean_r1.fq clean_r2.fq
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