3-7 DNA序列（DNA Consensus String, ACM/ICPC Seoul 2006, UVa1368）

输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量

小。 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，例如，ACGT和GCGA的
Hamming距离为2（左数第1, 4个字符不同）。

输入整数m和n（4≤m≤50, 4≤n≤1000），以及m个长度为n的DNA序列（只包含字母
A，C，G，T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。
如有多

解，要求为字典序最小的解。 例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGATAC。
TATGATAC

TAAGCTAC

AAAGATCC

TGAGATAC

TAAGATGT

将A,C,G,T看成是0,1,2,3；

定义一个数组int ans[4][50];

对于每一行的输入，1<=i<=m；

ans[字母][i]++；

这样就记录了每一列每种字母出现的总次数；

最后遍历ans的每一列 把每一列的第一个最大值所在行转换成字母

合起来就是最优解；

总行数减去字母出现最多的字母数在第一列到第n列求和就是hamming值

#include <bits/stdc++.h>

using namespace std;

int ans[4][1000];//放次数的数组
char DNA[50][1000];   //放输入DNA的数组
char mDNA[1000];    //放最优解得数组
int T,m,n;
map<char,int> m1;
char zimu[4]={'A','C','G','T'};
int main()
{
//freopen("input.txt","r",stdin);
m1['A']=0;
m1['C']=1;
m1['G']=2;
m1['T']=3;
scanf("%d",&T);
while(T>0){
int len=0;
scanf("%d%d",&m,&n);
getchar();
memset(ans,0,sizeof(ans));
for(int i=0;i<m;i++){
int j=0;
char c;

while((c=getchar())!='\n'&&j<n){
int pos=0;
switch(c){
case 'A':
pos=0;break;
case 'C':
pos=1;break;
case 'G':
pos=2;break;
case 'T':
pos=3;break;
}
ans[pos][j]++;
j++;
}
}
int max1;
int pos1;
for(int i=0;i<n;i++){
max1=ans[0][i];
pos1=0;
for(int j=0;j<4;j++){
if(ans[j][i]>max1){
max1=ans[j][i];
pos1=j;
}
}
len+=m-max1;
mDNA[i]=zimu[pos1];
}
for(int i=0;i<n;i++){
putchar(mDNA[i]);
}
printf("\n%d\n",len);
T--;
}
return 0;
}