利用Gephi生成可视化拓扑图

突然发现好久没更文章了，先写一篇记录一下近期的工作吧。

近期有很多工作都要在图上进行优化，虽然可以写代码做统计，但是缺少一种比较直观的可视化工具。

通过搜索找到了这三个工具：Graphviz，Gephi和Pajek。比较了一下，觉得Gephi操作最简单，所以就用它啦。

一、安装：

网上很好下载到。打开后界面有“概览”、“数据资料”和“预览”三栏。主要的绘图工作在“概览”中完成，“数据资料”以表格形式存储了点和边的情况，“预览”是为导出图做准备。

二、导入：

Gephi可以很方便的导入csv格式的文件，而excel就能很方便的编辑csv，也可以将xls转存为csv，所以不需要为了导入使用很复杂的结构。导入图的主要步骤是：

1、文件->新建项目，生成一个空项目；

2、从csv文件中导入图信息，其中点和边应该分为两个文件，分别导入。

导入点时，csv文件结构是这样的：



Id是节点编号，Label是节点上显示的标签文字，这两个一般都是要的。第三列Weight是每个点的点权，不需要的话可以不写这一列，当然也可以改为其它名字或是在右边添加更多列。

然后打开文件->Import spreadsheet，选“节点表格”，会出现数据预览，没啥问题就点下一步，然后点完成，就应该能在“概览”界面内看到没有边相连的节点了。



然后同理导入边，此时的csv文件结构应该是：



Id是边的编号，Source和Target是边的起点编号和终点编号，Type表示边有向还是无向，这几列一般都是需要的。如果想给边加权值或者其他属性的话，也可以在右边新增列。

还是打开文件->Import spreadsheet，导入csv文件，这次选“边表格”，确认后就完全把图导入了。这是导入后的主界面：



三、调整配色和布局：

节点和边的配色和大小调整可以使用左上方的“外观”区域。例如对于节点，可以选择标出的四种调整，分别是节点颜色、节点大小、标签颜色、标签大小。Gephi不但可以把节点和标签改为相同的颜色和大小，还可以根据节点的度设置渐变的颜色和大小，也支持根据导入节点的其它属性，显示不同的颜色。边也可以进行类似的设置。

布局调整主要使用左下方的“布局”区域，里面内置了很多运动函数，可以进行选择和参数调整，点击“运行”后，就可见图上节点在通过运动重新布局。





四、导出图片：

切到“预览”栏，可以设置导出时所用的参数，然后点“刷新”，就能在右边看到效果图。调整完后，点击左下角的“SVG / PDF / PNG”按钮就能导出为相应格式的文件。

目前就用到了这些功能，其实Gephi还自带了很多统计功能，等将来用到后再补充吧。