fasta转成txt
2017-02-10 22:55
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fasta转成txt
有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件
写了一个简单的命令。用法如下:
代码如下
别忘了上述代码保存为fasta2txt,并修改权限使之可运行,最后可将文件放在系统全局环境变量下。
有的时候需要将fasta格式的序列文件转换成以tab键分割的txt文件
写了一个简单的命令。用法如下:
fasta2txt -i input.fa -o out.txt
代码如下
#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ = "Sheng-Wei Ma" import click #需要你的电脑安装click包 @click.command() @click.option('-i', type=click.File('rb'), help='fasta file') @click.option('-o', type=click.File('w'), help='txt file') def fasta2txt(i, o): for line in i: if line.startswith(">"): lin = line.strip().split()[0][1:] o.writelines('\n' + lin + '\t') else: o.writelines(line.strip()) if __name__=='__main__': fasta2txt()
别忘了上述代码保存为fasta2txt,并修改权限使之可运行,最后可将文件放在系统全局环境变量下。
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