python根据序列长度筛选序列，查找序列中指定碱基序列

from glob import glob
import os

os.chdir("D:\\")

file_in = open("result_all_Sequences.fasta", 'r') #定义文件file_in，为打开文件result_all_Sequences.fasta

fa_Con = file_in.read()           #.read()是把文件的全部内容读进来

file_in.close()                   #.close()是把文件关闭

every_fas =  fa_Con.split(">")    #.split(">")是指以>为分隔符把字符串分割为列表，分割后的列表里面不会包含>,即分割后>消失

## 写入文件

out_file = open("res.fasta", 'w') #  w是可写

for i in every_fas:
if i != "":
start = i.index("\n")
if len(i[start:]) >= 90:
out_file.write(">" + i)
out_file.close()

# 读取刚刚筛选过的文件
file_in = open("res.fasta", 'r') #定义文件file_in，为打开文件result_all_Sequences.fasta

fa_Con = file_in.read()          #.read()是把文件的全部内容读进来

file_in.close()                  #.close()是把文件关闭

every_fas =  fa_Con.split(">")   #.split(">")是指以>为分隔符把字符串分割为列表，分割后的列表里面不会包含>,即分割后>消失

out_file = open("ress.fasta", 'w')

## 查找每条序列的GCAT
for i in every_fas:
if i != "":
start = i.index("\n")    #.index("\n")是指显示\n的位置或下标

#print(i[start:])        # i[start:]是从\n开始一直到最后

seq_con = i[start:]

st_1 = seq_con.find("GCAT")

if st_1 != -1 and st_1 != len(seq_con) - 4:
out_file.write(">" + i[:start+1]+seq_con[st_1+4:])

out_file.close()