大图片(几个G)的读取

1、下载openslide

2、我用的版本是3.4.1，然后进行build

3、软件环境需求:zlib, libpng, libjpeg, libtiff, OpenJPEG 1.x or >= 2.1,GDK-PixBuf, libxml2, SQLite >= 3.6.20, cairo >= 1.2, and glib >= 2.16，其中有两个库不太好装。

解决：

sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
sudo apt-get install openslide-tools
sudo apt-get install python-openslide
sudo apt-get install python3-openslide

4、进入到openslide下面

./configure
make
make install

5、测试

import openslide
import numpy
import matplotlib.pyplot as plt

slide = openslide.open_slide("/xxx.tif")
ds = slide.level_downsamples
for i in xrange(slide.level_count):
size = int(4096*(ds[0]/ds[i]))
tile = numpy.array(slide.read_region((300,1100), i, (size,size) ))
plt.figure()
plt.imshow(tile)
plt.show()