R的卸载和更新安装

R包经常会遇到各种版本不兼容的毛病，比如当前的版本相较于包，新了/旧了都是麻烦而升级R软件呢，最麻烦的就是之前安装的包怎么办？搜罗了以下几种方法：方法1：（1）直接安装新版本（2）然后复制旧版本的library中的文件夹到新版本的library文件夹下，粘贴。 如果中间跳出有重名的，就不覆盖（基础包是需要最新的）。（3）打开新版的R，输入：

update.packages()

[/code]默默等待更新即可（不过我其实不建议这种方式，他会不断的跳出来，让你选择y/n/c 是/否/取消）直接选择程序包——更新程序包，应该就可以了吧？方法2使用installr包http://cran.ms.unimelb.edu.au/所以，还没开始，似乎结局已经注定如果是这样，我不知道其意义何在呢？不过呢，按照其他参考资料而言，应该还是很简便的（参考资料的发布时间最在的在2014，晚一点的也在2015，看来这个包也是经过了不少改动啊）http://wanglongqi.github.io/r/2014/11/04/installR/（Posted on 04 Nov 2014）方法3在旧版本下的控制输入：

olib <- installed.packages()[,"Package"]

save(olib, file="oldRpackages.txt",ascii=T)

[/code]也就是，在旧版本下，读入了所有已安装的扩展包我将后缀名保存为txt，并设置ascii参数为T，是为了能打开，打开能识别编码。恩，最好使用editplus打开，不然直接用txt，格式看起来混乱。上述语句要在卸载旧版本之前运行，然后，上述语句运行完，会在当前的工作空间（getwd()查看）文件下生成一个oldRpackages.txt文件安装新的R，然后在新的R中输入：

> load("oldRpackages")

> chooseCRANmirror()     #我先选择设置镜像，才出现此代码

> tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])

> biocLite(tobeinstalled)

错误: 没有"biocLite"这个函数

[/code] 使用??biocLite，也是not fund但事实上不是这样的，输入：（这是因为，他们所用的镜像，是生物信息自己的镜像，会加载包）

load("oldRpackages")

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/bin/windows/contrib/3.3/BiocInstaller_1.22.1.zip'

Content type 'application/zip' length 58128 bytes (56 KB)

downloaded 56 KB

The downloaded binary packages are in

C:\Users\xuan\AppData\Local\Temp\Rtmp6dKreM\downloaded_packages

Bioconductor version 3.3 (BiocInstaller

1.22.1), ?biocLite for help

[/code]

tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])

biocLite(tobeinstalled)

BioC_mirror: https://bioconductor.org[/code] 
Using Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.1), R 3.3.0
(2016-05-03).
Old packages: 'Rcpp', 'survival'
[/code]
Update all/some/none? [a/s/n]: a（自己输入选择）
[/code]报错了........http://blog.qiubio.com:8080/archives/3113 http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039/r-package-abouts-r（这里也提到了类似的命令）（作者还有其他关于R的作品，蛮有意思http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039）综上所述，我觉得，在方法2可用的情况下，可以使用2 ，否则，我还是更愿意使用方法1.卸载，进入安装文件，找到unins000.exe卸载完后，library文件夹还会残留下来，但是，此时残留的仅仅是扩展包，其他的核心基础包，都木有啦。安装：（我手贱，一开始自己选了Plain text，结果帮助文档是在一个控制台一样的窗口输出的，不方便啊，无法缩放，窗口切换也麻烦）null