fastqc, Per Base Sequence Content

Per Base Sequence Content
对所有reads的每一个位置，统计ATCG四种碱基（正常情况）的分布：



横轴为位置，纵轴为百分比。 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的，而且没有位置差异。因此好的样本中四条线应该平行且接近。当部分位置碱基的比例出现bias时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有overrepresented sequence的污染。当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时，即四条线平行但分开，往往代表文库有bias (建库过程或本身特点)，或者是测序中的系统误差。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%，报"WARN"；当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%，报"FAIL"。



第一个图其实是不正常的，第二个图才是正常的，因为植物基因组，本来AT就比GC要高，第一个图之所以都一样，是因为有细菌或者叶绿体污染，导致

四种碱基含量差不多了。。。

中心测序，每次都是前面会有波动，可能是由于刚开始要测接头，可能要切完以后，信号不稳定等因素~~

freemao

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