Amber14在Centos6.6下的安装
2015-07-17 09:52
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Amber14的安装和Amber12相比多了几个依赖库,而且根据以前实验室经验的intel官网下载地址也更换了,以前的intel编译器可以免费使用1年,我没有找到那个版本的,所以就是下载了试用一个月版的,反正可以把Amber解码编译好了就行。
1. 安装intel编译器
intel编译器下载
https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe
进入官网注册账号,激活账户,选择composer版本的就可以了,邮箱里会受到一封给了下载地址的邮件,然后再下载下来,有三点多个G大小,下载要点时间
安装完成之后,在主文件夹下终端输入gedit .bashrc
添加如下:
source opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/compliervars.sh intel64
保存。然后source .bashrc。终端中输入which icc和which ifort,输出的路径正确算是安装成功。
2 、装Amber的依赖库
sudo yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel
libXext-devel libXdmcp-devel python-devel tkinter numpy scipy python-matplotlib openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker patch bison
3.解压ambertools14和amber14:
cd /home/myname
tar xvfj AmberTools14.tar.bz2 # (Note: extracts in an # “amber14” directory)
tar xvfj Amber14.tar.bz2 # (only if you have licensed Amber 14!)
4. 设置环境变量:
export AMBERHOME=/home/myname/amber14
source /home/myname/amber14/amber.sh
保存。source .bashrc
5. 安装串行版amber14:
./configure intel
make install
make test
6. 因为我是用GPU跑分子动力学,所以就不安装并行版的amber,有需要的可以看官网的mannual,安装包里打开doc文件夹也能找到
1. 安装intel编译器
intel编译器下载
https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe
进入官网注册账号,激活账户,选择composer版本的就可以了,邮箱里会受到一封给了下载地址的邮件,然后再下载下来,有三点多个G大小,下载要点时间
安装完成之后,在主文件夹下终端输入gedit .bashrc
添加如下:
source opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/compliervars.sh intel64
保存。然后source .bashrc。终端中输入which icc和which ifort,输出的路径正确算是安装成功。
2 、装Amber的依赖库
sudo yum install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel
libXext-devel libXdmcp-devel python-devel tkinter numpy scipy python-matplotlib openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker patch bison
3.解压ambertools14和amber14:
cd /home/myname
tar xvfj AmberTools14.tar.bz2 # (Note: extracts in an # “amber14” directory)
tar xvfj Amber14.tar.bz2 # (only if you have licensed Amber 14!)
4. 设置环境变量:
export AMBERHOME=/home/myname/amber14
source /home/myname/amber14/amber.sh
保存。source .bashrc
5. 安装串行版amber14:
./configure intel
make install
make test
6. 因为我是用GPU跑分子动力学,所以就不安装并行版的amber,有需要的可以看官网的mannual,安装包里打开doc文件夹也能找到
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