Functional MRI (second edition) -- 5. MR Contrast Mechanisms and Pulse Sequences
2015-07-14 11:14
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B增强时,T1T_{1} 变大,T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。方便记忆可以思考陀螺的例子:
- 当地球引力变大的时候,high-energy和low-energy状态之间的能量差变大,这时想改变状态就会变得更困难,因此T1T_{1} 变大。
- 同时为了保持平衡陀螺需要旋转的更快,因此相互间的相位更容易变得混乱,因此T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。
————————————————————————————————-
TR: repetition time, 两个相邻excitation pulse之间的时间差。
TE: echo time, excitation pulse和 data acquisition之间的时间差。
—————————————————————————————————
Mxy(t)=M0(1−e−TR/T1)e−TE/T2M_{xy}(t)=M_{0}(1-e^{-TR/T_{1}})e^{-TE/T_{2}}
contrast: CAB=M0A(1−e−TR/T1A)e−TE/T2A−M0B(1−e−TR/T1B)e−TE/T2BC_{AB}=M_{0A}(1-e^{-TR/T_{1A}})e^{-TE/T_{2A}}-M_{0B}(1-e^{-TR/T_{1B}})e^{-TE/T_{2B}}
—————————————————————————————————
Static contrast
Proton-density contrast
得到该图像,需要让T1和T2T_{1}和T_{2}对于contrast的影响减小。方法可以是使TR和TE都非常大或非常小。但是短TR或者长TE都会导致信号减弱,因此使用的是“长TR,短TE(TR>T1,TE<T2TR>T_{1}, TE)”;为了控制scan的时间,可以进一步使用”small flip angle(<90度)”的方式,这样z方向的恢复会变快,即T1T_{1}会变小。
T1T_{1} contrast
取短TE(<<T2T_{2}),适中TR。
CAB=M0A(1−e−TR/T1A)−M0B(1−e−TR/T1B)C_{AB}=M_{0A}(1-e^{-TR/T_{1A}})-M_{0B}(1-e^{-TR/T_{1B}})
图像特点:固体亮,液体暗,因为水的T1很长。
可以使用inverse recovery来增强T1 contrast,方法是在spin-echo或gradient-echo前加入180度pulse。
T2 contrast
取长TR(>>T1),适中TE,只能用spin-echo。
CAB=M0Ae−TE/T2A−M0Be−TE/T2BC_{AB}=M_{0A}e^{-TE/T_{2A}}-M_{0B}e^{-TE/T_{2B}}
图像特点:液体亮
T2* contrast
取长TR(>>T1),适中TE,只能用gradient-echo。
1T∗2=1T2+1T′2\frac{1}{T_{2}^{*}}=\frac{1}{T_{2}}+\frac{1}{T_{2}'}
T′2T_{2}'是由磁场不均匀造成的。
Chemical contrast
又称chemical shift imaging,基于不同分子中的proton的共振频率会不同。对于单独的频率进行MR signal采集,然后基于位置进行空间编码,得到图像(不能使用一般的频率-相位编码,因为不能加频率的gradient。作为替代,在x、y方向上,同时加入一个phase encoding gradient)。
Macromolecular contrast
magnetization transfer:大分子中的proton可以影响周围水分子。
水分子的proton共振频率宽度仅为100Hz,大分子中的可达几千Hz。
成像步骤:
off-resonance excitation:可以激活大分子,但是不会激活水分子中的proton。
magnetization transfer:一部分大分子中激活的proton会将能量转移给周边的水分子中的proton。
on-resonance excitation:激活水分子中proton。
采集信号:由于之前的transfer造成一部分水分子中的proton能量上升,因此on-resonance excitation的时候吸收的能量就减少了,采集信号时释放的能量就减少了。因此是相关大分子越多的地方,信号越弱。
——————————————————————————————————–
Motion Contrast
MR angiography(MRA, 血管造影):
time-of-flight(TOF) MRA: 先用excitation pulse和gradient satuation pulse 进行 presaturate; 然后等一段时间让新鲜血液流进来,再加excitation pulse,进行gradient-echo得到图像。
velocity-encoded phase contrast(VENC-PC) MRA: 引入三个方向的phase gradient。然后得到加phase-gradient和不加的两张图像的差,为MRA图像。
Diffusion-weighted contrast:
attenuation effect: A=e−∫T0D(γG(t)t)2dt=e−bDA=e^{-\int_{0}^{T}D(\gamma G(t)t)^{2}dt}=e^{-bD}
D-apparent diffusion coefficient(ADC), 无差别扩散的扩散系数
G-external diffusion-weighting gradient
T-duration of G
b factor: b=∫T0(γG(t)t)2dtb=\int_{0}^{T}(\gamma G(t)t)^{2}dt (the degree of diffusion weighting applied within a pulse sequence)
DTI(Diffusion tensor imaging)
fractional anisotropy: FA=(Dx−Dy)2+(Dx−Dz)2+(Dz−Dx)2√2(Dx2+Dy2+Dz2)√FA=\frac{\sqrt{(Dx-Dy)^{2}+(Dx-Dz)^{2}+(Dz-Dx)^{2}}}{\sqrt{2(Dx^{2}+Dy^{2}+Dz^{2})}}介于0、1之间,逼近0时表示各项同性。
Perfusion-weighted contrast
perfusion: 通过某块组织的单位时间血流量。用于小血管和毛细血管。
rCBF(relative cerebral blood flow): 进入一个voxel的血流量
rCBV(relative cerebral blood volume): 一个voxel里包含的血量
mTT(mean transit time): 血流流过指定voxel所需时间
常用的成像方式被称为ASL(arterial spin labeling)
dM(t)→dt=M0→−Mz(t)→T1app+f(M′(t)→−M0→)\frac{d\vec{M(t)}}{dt}=\frac{\vec{M_{0}}-\vec{M_{z}(t)}}{T_{1app}}+f(\vec{M'(t)}-\vec{M_{0}})后面一项表示受血流的影响。
1/T1app=1/T1+f/λ1/T_{1app}=1/T_{1}+f/\lambda
dM(t)label→dt−dM(t)control→dt=−M(t)label→−M(t)control→T1app+f(−2M0→)\frac{d\vec{M(t)^{label}}}{dt}-\frac{d\vec{M(t)^{control}}}{dt}=-\frac{\vec{M(t)^{label}}-\vec{M(t)^{control}}}{T_{1app}}+f(-2\vec{M_{0}})
M(t)label→−M(t)control→=−2T1appfM0→/λ\vec{M(t)^{label}}-\vec{M(t)^{control}}=-2T_{1app}f\vec{M_{0}}/\lambda
====================================================================
Fast imaging sequences
Echo-planar imaging
keyword: zigzag.
Spiral imaging
keyword: k域螺旋,正弦gradient
=======================================================
Signal recovery and distortion correction for EPI and spiral images
使用填充物填充空洞,例如口含的东西。
加入局部线圈。
在pulse sequence上加入z-shim gradient。
=============================================================
Questions:
1. Chemical contrast 如何进行imaging的?位置解析如何做?P133
2. VENC-PC MRA如何进行位置解析?Phase image acquisition怎么做的?P138
加过phase gradient后加反的phase gradient进行补偿,然后正常成像,并不影响后面成像。
3.P145, 5.13怎么导出来的?
- 当地球引力变大的时候,high-energy和low-energy状态之间的能量差变大,这时想改变状态就会变得更困难,因此T1T_{1} 变大。
- 同时为了保持平衡陀螺需要旋转的更快,因此相互间的相位更容易变得混乱,因此T2和T∗2T_{2}和T_{2}^{*} 变小。
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TR: repetition time, 两个相邻excitation pulse之间的时间差。
TE: echo time, excitation pulse和 data acquisition之间的时间差。
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Mxy(t)=M0(1−e−TR/T1)e−TE/T2M_{xy}(t)=M_{0}(1-e^{-TR/T_{1}})e^{-TE/T_{2}}
contrast: CAB=M0A(1−e−TR/T1A)e−TE/T2A−M0B(1−e−TR/T1B)e−TE/T2BC_{AB}=M_{0A}(1-e^{-TR/T_{1A}})e^{-TE/T_{2A}}-M_{0B}(1-e^{-TR/T_{1B}})e^{-TE/T_{2B}}
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Static contrast
Proton-density contrast
得到该图像,需要让T1和T2T_{1}和T_{2}对于contrast的影响减小。方法可以是使TR和TE都非常大或非常小。但是短TR或者长TE都会导致信号减弱,因此使用的是“长TR,短TE(TR>T1,TE<T2TR>T_{1}, TE)”;为了控制scan的时间,可以进一步使用”small flip angle(<90度)”的方式,这样z方向的恢复会变快,即T1T_{1}会变小。
T1T_{1} contrast
取短TE(<<T2T_{2}),适中TR。
CAB=M0A(1−e−TR/T1A)−M0B(1−e−TR/T1B)C_{AB}=M_{0A}(1-e^{-TR/T_{1A}})-M_{0B}(1-e^{-TR/T_{1B}})
图像特点:固体亮,液体暗,因为水的T1很长。
可以使用inverse recovery来增强T1 contrast,方法是在spin-echo或gradient-echo前加入180度pulse。
T2 contrast
取长TR(>>T1),适中TE,只能用spin-echo。
CAB=M0Ae−TE/T2A−M0Be−TE/T2BC_{AB}=M_{0A}e^{-TE/T_{2A}}-M_{0B}e^{-TE/T_{2B}}
图像特点:液体亮
T2* contrast
取长TR(>>T1),适中TE,只能用gradient-echo。
1T∗2=1T2+1T′2\frac{1}{T_{2}^{*}}=\frac{1}{T_{2}}+\frac{1}{T_{2}'}
T′2T_{2}'是由磁场不均匀造成的。
Chemical contrast
又称chemical shift imaging,基于不同分子中的proton的共振频率会不同。对于单独的频率进行MR signal采集,然后基于位置进行空间编码,得到图像(不能使用一般的频率-相位编码,因为不能加频率的gradient。作为替代,在x、y方向上,同时加入一个phase encoding gradient)。
Macromolecular contrast
magnetization transfer:大分子中的proton可以影响周围水分子。
水分子的proton共振频率宽度仅为100Hz,大分子中的可达几千Hz。
成像步骤:
off-resonance excitation:可以激活大分子,但是不会激活水分子中的proton。
magnetization transfer:一部分大分子中激活的proton会将能量转移给周边的水分子中的proton。
on-resonance excitation:激活水分子中proton。
采集信号:由于之前的transfer造成一部分水分子中的proton能量上升,因此on-resonance excitation的时候吸收的能量就减少了,采集信号时释放的能量就减少了。因此是相关大分子越多的地方,信号越弱。
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Motion Contrast
MR angiography(MRA, 血管造影):
time-of-flight(TOF) MRA: 先用excitation pulse和gradient satuation pulse 进行 presaturate; 然后等一段时间让新鲜血液流进来,再加excitation pulse,进行gradient-echo得到图像。
velocity-encoded phase contrast(VENC-PC) MRA: 引入三个方向的phase gradient。然后得到加phase-gradient和不加的两张图像的差,为MRA图像。
Diffusion-weighted contrast:
attenuation effect: A=e−∫T0D(γG(t)t)2dt=e−bDA=e^{-\int_{0}^{T}D(\gamma G(t)t)^{2}dt}=e^{-bD}
D-apparent diffusion coefficient(ADC), 无差别扩散的扩散系数
G-external diffusion-weighting gradient
T-duration of G
b factor: b=∫T0(γG(t)t)2dtb=\int_{0}^{T}(\gamma G(t)t)^{2}dt (the degree of diffusion weighting applied within a pulse sequence)
DTI(Diffusion tensor imaging)
fractional anisotropy: FA=(Dx−Dy)2+(Dx−Dz)2+(Dz−Dx)2√2(Dx2+Dy2+Dz2)√FA=\frac{\sqrt{(Dx-Dy)^{2}+(Dx-Dz)^{2}+(Dz-Dx)^{2}}}{\sqrt{2(Dx^{2}+Dy^{2}+Dz^{2})}}介于0、1之间,逼近0时表示各项同性。
Perfusion-weighted contrast
perfusion: 通过某块组织的单位时间血流量。用于小血管和毛细血管。
rCBF(relative cerebral blood flow): 进入一个voxel的血流量
rCBV(relative cerebral blood volume): 一个voxel里包含的血量
mTT(mean transit time): 血流流过指定voxel所需时间
常用的成像方式被称为ASL(arterial spin labeling)
dM(t)→dt=M0→−Mz(t)→T1app+f(M′(t)→−M0→)\frac{d\vec{M(t)}}{dt}=\frac{\vec{M_{0}}-\vec{M_{z}(t)}}{T_{1app}}+f(\vec{M'(t)}-\vec{M_{0}})后面一项表示受血流的影响。
1/T1app=1/T1+f/λ1/T_{1app}=1/T_{1}+f/\lambda
dM(t)label→dt−dM(t)control→dt=−M(t)label→−M(t)control→T1app+f(−2M0→)\frac{d\vec{M(t)^{label}}}{dt}-\frac{d\vec{M(t)^{control}}}{dt}=-\frac{\vec{M(t)^{label}}-\vec{M(t)^{control}}}{T_{1app}}+f(-2\vec{M_{0}})
M(t)label→−M(t)control→=−2T1appfM0→/λ\vec{M(t)^{label}}-\vec{M(t)^{control}}=-2T_{1app}f\vec{M_{0}}/\lambda
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Fast imaging sequences
Echo-planar imaging
keyword: zigzag.
Spiral imaging
keyword: k域螺旋,正弦gradient
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Signal recovery and distortion correction for EPI and spiral images
使用填充物填充空洞,例如口含的东西。
加入局部线圈。
在pulse sequence上加入z-shim gradient。
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Questions:
1. Chemical contrast 如何进行imaging的?位置解析如何做?P133
2. VENC-PC MRA如何进行位置解析?Phase image acquisition怎么做的?P138
加过phase gradient后加反的phase gradient进行补偿,然后正常成像,并不影响后面成像。
3.P145, 5.13怎么导出来的?
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