XML包使用
2015-06-17 18:05
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library(XML)
library(plyr)
url_path_pre <- ‘http://www.rcsb.org/pdb/rest/describePDB?structureId=4hhb,1hhb’
query_txt <- paste(structureId, collapse = ‘,’)
url_path <- paste(c(url_path_pre, query_txt), collapse = ”)
xml_txt <- htmlParse(url_path)
xml_list <- xmlToList(xml_txt)
title <- names(xml_listbodybodypdbdescription$pdb)
out <- ldply(xml_listbodybodypdbdescription, function(x) {
sapply(title, function(y){
assign(y, x[[y]])
})
} )
out
“`
htmlParse(url)
解析网页，或XMLxml 转换成data.frame
“`rlibrary(XML)
library(plyr)
url_path_pre <- ‘http://www.rcsb.org/pdb/rest/describePDB?structureId=4hhb,1hhb’
query_txt <- paste(structureId, collapse = ‘,’)
url_path <- paste(c(url_path_pre, query_txt), collapse = ”)
xml_txt <- htmlParse(url_path)
xml_list <- xmlToList(xml_txt)
title <- names(xml_listbodybodypdbdescription$pdb)
out <- ldply(xml_listbodybodypdbdescription, function(x) {
sapply(title, function(y){
assign(y, x[[y]])
})
} )
out
“`
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