用一个简单的perl包轻松管理脚本中的软件调用

在用perl写的流程中，有人喜欢直接在脚本定义软件的路径，比如：

my $blastall="/opt/blc/genome/bin/blastall";

这样做，看着好像很省事的样子，但是当一个流程层次关系比较复杂时，而且当其中的路径失效时，麻烦来了：我们需要翻复杂的脚本，重新找到标量的定义，然后修改之。可是，当你把所有调用的软件路径写到配置文件中，并用perl package function调用，当路径失效时，我们只需要在配置文件中修改就可以了。

比如配置文件config.txt是这样的：

###########################
#######software path#######
###########################
prank=/nas/GAG_02/liushiping/GACP/software/evolution/prank-msa/src/prank
GBlocks=/home/lixiangfeng/tools/Gblocks_0.91b/Gblocks
codeml=/share/project002/zhangpei/bin/paml44/bin/codeml
formatdb=/opt/blc/genome/bin/formatdb
blastall=/opt/blc/genome/bin/blastall
muscle=/opt/blc/genome/bin/muscle
###########################
#######END#################
###########################

针对配置文件，我们可以写一个如下的名为Soft.pm的package：

################################################
######This package contains the pathes of many softwares
######You can modify the config.txt when the software path changed
######Original from xiangfeng li,xflee0608@163.com
####################2014-7-5####################
package  Soft;
use strict;
require Exporter;
our @ISA = qw(Exporter);
our @EXPORT = qw(parse_config);
##parse the software.config file, and check the existence of each software
################################################

sub parse_config{
my ($config,$soft)=@_;
open IN,$config || die;
my %ha;
while(<IN>){
chomp;
next if /^#|^$/;
s/\s+//g;
my @p=split/=/,$_;
$ha{$p[0]}=$p[1];
}
close IN;
if(exists $ha{$soft}){
if(-e $ha{$soft}){
return $ha{$soft};
}else{
die "\nConfig Error: $soft wrong path in $config\n";
}
}else{
die "\nConfig Error: $soft not set in $config\n";
}
}
1;
__END__

那么怎么用这个package呢？

可以像正常的module调用那样，use module;

示例如下：

#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use FindBin qw($Bin $Script);
use lib $Bin;
use Soft;
......
......
my $config="$Bin/config.txt";
my $blastall=parse_config($config,"blastall");
......

这样在流程中，看起来似乎多了许多行，但是这个package可以在不同的流程中反复调用，你只需要做好两件事情：

1，把Soft.pm 放到一个适当的位置，如果是调用流程的相对路径，就要用FindBin 模块，如果直接是一个固定的路径，可以这么写：

#! /usr/bin/perl -w
use strict;
use lib 'home/lxf/';
use Soft;
......
......
my $config="home/lxf/config.txt";
my $blastall=parse_config($config,"blastall");
......

2.在config文件中按格式要求写好你常用软件的路径，这样管理脚本中涉及的软件路径，是不是很方便呢？