NetworkX学习笔记-3-Python中输出Gephi文件格式的方法

Gephi（http://gephi.org/）是一个常用的复杂网络分析和可视化工具，可以生成些比较漂亮的网络图。这里总结一下Python中生成符合Gephi输入文件格式的方法。Gexf（http://www.gexf.net/format/）是一个Gephi相关开发者定义的开放文件格式。其实我们也可以直接调用Gephi的API，但是由于很多网络分析是基于Python和NetworkX实现的，所以需要研究一下怎么通过Python生成Gexf文件。可以使用pygexf这个插件。

pygexf使用lxml作为XML的解析引擎，所以我们需要首先安装lxml，在其官网上http://lxml.de/ ，在Windows系统中的安装方法非常繁琐。但是实际上可以在python的官网中的PYPI（Python
Package Index）中找到其可执行程序安装包：https://pypi.python.org/pypi/lxml ，在这个页面中选择对应的链接下载即可。

另外，pygexf在PYPI上的链接为：https://pypi.python.org/pypi/pygexf/0.2.2 下载pygexf-0.2.2.tar.gz 后解压。将压缩包拷贝至%Python安装目录%\Lib\site-packages，定位到该目录下，然后运行：

easy_install.py pygexf-0.2.2

要运行上面的命令，需要首先安装setuptools，具体安装方法请参考我之前一篇日志。

实际上在gexf的主页上也给出了pygexf的Github链接：https://github.com/paulgirard/pygexf 顺便介绍一下从Github上下载项目源代码的方法，最简单的方法是安装Github
Windows系统插件后，在Git Shell中输入：

git clone https://github.com/paulgirard/pygexf.git[/code] 
下载下的项目源代码目录和解压后类似，安装方法也和上面相同。在安装好pygexf之后，在Python IDLE中运行：

>>> import gexf as gexf
>>> print gexf


如果能正确打印pygexf的安装位置，则说明可以已经成功安装了。参考pygexf\test目录下的test.py文件，我们可以新建一个最简单的文件：

from gexf import Gexf

gexf = Gexf("Paul Girard","A hello world! file")
graph=gexf.addGraph("directed","static","a hello world graph")

graph.addNode("0","hello")
graph.addNode("1","World")
graph.addEdge("0","0","1")

output_file=open("helloworld.gexf","w")
gexf.write(output_file)


生成的helloworld.gexf文件就可以用Gephi直接导入了。