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poj 2778 DNA Sequence

2013-03-23 11:19 302 查看
http://poj.org/problem?id=2778

AC自动机 + 矩阵连乘

代码:

#include<iostream>
#include<cmath>
#include<cstdio>
#include<string>
#include<cstring>
#include<vector>
#include<stack>
#include<queue>
#include<set>
#include<map>
#include<algorithm>

#define LL long long

using namespace std;

const int INF=0x3f3f3f3f;
const int MOD=100000;
const LL LMOD=100000;
const int N=1005;
const int M=1005;
const int K=4;
const int MATRIXN=5;
const int MATRIXM=115;
const int MATRIXH=115;
struct nodeTrie
{
int v;
int fail;
int next[K];
void initialize()
{
v=0;
fail=-1;
memset(next,-1,sizeof(next));
}
}trie[M];
int cnt,root;
char s
;
LL ma[MATRIXN][MATRIXM],mb[MATRIXM][MATRIXH],mc[MATRIXM][MATRIXH];
int getNewNode()
{
++cnt;
trie[cnt].initialize();
return cnt;
}
void addWord(int p,char *s,int k)
{
if(s[0]=='\0') return ;
for(int i=0;s[i]!='\0';++i)
{
if(trie[p].next[s[i]-'A']==-1)
trie[p].next[s[i]-'A']=getNewNode();
p=trie[p].next[s[i]-'A'];
}
(trie[p].v)=k;
}
void init(int n)
{
cnt=0;
root=getNewNode();
for(int i=0;i<4;++i)
{
s[0]='A'+i;s[1]='\0';
addWord(root,s,0);
}
while(n--)
{
gets(s);
for(int i=0;s[i]!='\0';++i)
{
if(s[i]=='C')
s[i]='B';
else if(s[i]=='G')
s[i]='C';
else if(s[i]=='T')
s[i]='D';
}
addWord(root,s,1);
}
}
void bfs(int p)
{
trie[p].fail=root;
queue<int>qt;
qt.push(p);
while(!qt.empty())
{
int y;
int x=qt.front();qt.pop();
for(int i=0;i<K;++i)
if(trie[x].next[i]!=-1)
{
qt.push(trie[x].next[i]);
if(x==root)
{trie[trie[x].next[i]].fail=root;continue;}
y=trie[x].fail;
while(y!=root&&trie[y].next[i]==-1)
y=trie[y].fail;
if(trie[y].next[i]!=-1)
trie[trie[x].next[i]].fail=trie[y].next[i];
else
trie[trie[x].next[i]].fail=root;
}
}
}
void makeMatrix(LL a[][MATRIXM],int n)
{
for(int i=1;i<=n;++i)
for(int j=1;j<=n;++j)
a[i][j]=0;
for(int i=1;i<=n;++i)
for(int j=0;j<4;++j)
{//cout<<i<<endl;
int p=i;
int q=0;
while(p!=root&&trie[p].next[j]==-1)
p=trie[p].fail;
if(trie[p].next[j]!=-1)
q=trie[p].next[j];
int w=q;
bool flag=true;
while(w!=root)
{
if(trie[w].v>0)
{flag=false;break;}
w=trie[w].fail;
}
if(trie[w].v>0)
flag=false;
if(flag==true)
a[i][q]=1;
}
}
void matrixMul(LL a[][MATRIXM],LL b[][MATRIXM],int n,int m,int h)
{
for(int i=1;i<=n;++i)
for(int j=1;j<=h;++j)
{
LL tmp=0;
for(int l=1;l<=m;++l)
tmp=(tmp+a[i][l]*b[l][j])%LMOD;
mc[i][j]=tmp;
}
for(int i=1;i<=n;++i)
for(int j=1;j<=h;++j)
a[i][j]=mc[i][j];
}
int main()
{
//freopen("data.in","r",stdin);
int n,m;
while(scanf("%d %d ",&n,&m)!=EOF)
{
init(n);
bfs(root);
int MN=1,MM=cnt,MH=cnt;
makeMatrix(mb,MM);
memset(ma,0,sizeof(ma));
ma[1][1]=1;
while(m>0)
{
if((m&1)==1)
matrixMul(ma,mb,MN,MM,MH);
matrixMul(mb,mb,MM,MM,MH);
m=(m>>1);
}
LL ans=0;
for(int i=1;i<=MN;++i)
for(int j=1;j<=MM;++j)
ans=(ans+ma[i][j])%LMOD;
cout<<ans<<endl;
}
return 0;
}


  
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