Ubuntu下安装配置MPICH2.1.4

本篇介绍MPICH2在Linux系统上的基本安装配置过程，假设一共有两台机器，分别命名为node1和node2。

1. 安装准备

（1）设置主机名

先在/etc/hosts中删除原来的hostname,然后 vi /etc/hostname改成你想要的，注意必须顶行写。然后使用hostname命令来重新得到hostname, logout一下再login就会改掉。

（2）修改hosts文件

Ifconfig 得到本机的ip

node1的ip（192.168.1.1） node1 server

#个人认为这里的server加不加都可以就只是一个名字

node2的ip（192.168.1.2） node2

（3）配置自动ssh登录

配置自动ssh登录，即授权让node1和node2可以无密码的ssh登录对方以及自己，在node1和node2上运行ssh-keygen命令来产生公匙和私匙，分别把公匙内容增添到本机和对方机的~/.ssh/authorized_keys。

具体做法：

$ ssh-keygen -t rsa，之后一路回车，这一步将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）

$ cd ~/.ssh

$ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys 把node1的公匙存到本地authorized_keys

$ scp node1:~/.ssh/id_rsa.pub node2:~/.ssh/1.pub 把node1的公匙复制到node2

$ ssh node2登录到node2

$ ssh-keygen -t rsa在node2上产生一对公匙和私匙

$ cd ~/.ssh

$ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys 把node2的公匙保存到本地authorized_keys

$ scp node2:~/.ssh/id_rsa.pub node1:~/.ssh/2.pub 把node2的公匙复制到node1

$ cat 1.pub 》 authorized_keys 把node1的公匙加入到node2的authorized_keys

$ ssh node1 登录到node1

$ cd ~/.ssh

$ cat 2.pub 》 authorized_keys 把node2的公匙加入到node1的authorized_keys

这里要保证authorized_keys的文件权限为600或者644：chmod 600 authorized_keys

这样在两台电脑之间分别ssh登录过一次以后就能无密码登录了。

注：另一种简便方法

A） 在node1上执行 ssh-keygen -t rsa，将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）

B） 在node1上执行cat id_rsa.pub 》 authorized_keys，把node1的公匙存到本地authorized_keys

C） 执行scp -R node1:~/.ssh/ node2:~/ 把node1的。ssh目录复制到node2 的home目录下

D） 在node1执行ssh node2，然后在从node2执行ssh node1，输入几个“yes”就完成了。

2. 安装MPICH2
从官网http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/index.php下载mpich2的最新版本mpich2-1.4.1p1.
（1）创建目录并解压缩
首先创建一个目录，将mpich安装到这个文件夹下
mkdir mpich2
在获得mpich2-1.4.1之后
A） 将gzip压缩的文件解压：mpich2-1.4.1p1.tar
gzip –d mpich2-1.4.1p1.tar.gz
B） 将tar归档的文件解开
tar xvf mpich2-1.4.1p1.tar
C） 进入mpich2-1.4.1p1的目录
cd mpich2-1.4.1p1
（2）配置、编译
A） 运行shell程序configure对mpich进行一些配置，使用smpd作为pm
./configure --prefix=/home/walter/mpich2 --with-pm=smpd --disable-f77 --disable-fc
B） 编译和安装
make
make install
注：在配置之前，要设置好系统时间，否则就会出现如下错误：
pm的配置非常重要，安装时默认使用hydra 作为pm，而windows使用 smpd作为pm。因为对hydra不了解，如果配置时不指定pm，就会出现单机可以正确执行，而多机直接无法通信的问题。如：
Fatal error in MPI_Send: Other MPI error, error stack:
MPI_Send（173）……： MPI_Send（buf=0x2aa59cd5b8, count=70920, MPI_INTEGER, dest=0, tag=2, comm=0x84000001） failed
MPIDI_CH3i_Progress_wait（214）……： an error occurred while handling an event returned by MPIDU_Sock_Wait（）
MPIDI_CH3I_Progress_handle_sock_event（420）：
MPIDU_Socki_handle_read（633）……： connection failure （set=0,sock=11,errno=104:Connection reset by peer）[cli_14]: aborting job:
Fatal error in MPI_Send: Other MPI error, error stack:
（3）设置环境变量
将安装后MPICH2的bin目录“mpich2”添加到系统路径中
Sudo vi /ect/environment 在PATH后面加上/home/yourname/mpich2/bin
然后echo $PATH，看看有没有添加成功。再下一步which smpd,看看有没有找到相应的路径。
3. 启动与测试
（1）启动smpd
smpd –s
要求passphrase的值在所有节点上相等，因为在windows上也是用这个服务，所以可以实现，windows和linux的互联。
（2）实验过程及结果
我们利用MPICH2的示例程序进行测试，示例为计算圆周率，可以输入精度。
A） 启动smpd:
smpd -s
B） 新建文件machinefile，内容为
node1
node2
C） cd mpich2-1.4.1p1
D） 执行
单节点执行
mpiexec –n 10 ./examples/cpi（n表示进程数）
多节点执行
mpiexec -n 10 -machinefile machinefile ./examples/icpi



上一页 [1] [2]