一个关于JavaScript的诡异问题

这个问题真的很诡异，我跟很多人讨论过，不乏经验丰富的人，都觉得很诡异。至今是个谜：
有的时候，我有一段JavaScript，不论那个网页是在我的localhost（apache）上打开，还是不放在server上（只是静态页），都可以正确无误的显示。用IE没问题，用FF没问题，用Chrome也没问题。总之就是一切看起来很美。。。
问题出现了！
当我把网页放到UNIX主机上的时候，再从browser看，突然间IE不支持了！script不起作用了，或者更准确的说，只有部分起作用！FF等依然坚挺，但是IE就是不行，有时是IE8不行，有时是IE7不行。看人品= =。。。
这个问题太诡异了。。。难道说，在客户端运行的JS，放到远程主机后，在相同浏览器中看的时候，还会出现不同效果？？？诡异。。。
望大虾指教！！！