linux下web服务器与数据库服务器的分离问题。

两台linux服务器，一个是web服务器（有外网IP），用ftp传网站的源文件，装的是apache2+tomcat5.0+jdk1.5，另一台mysql5.0数据库服务器（只设置内网IP）。两台服务器同属一个内网段。

现在的问题是我在本地用FTP传源文件到WEB服务器，连接不上mysql数据库服务器，在web服务器做了一个jsp连接测试文件也连不通，任何提示都没有。后来我把用ftp传的源文件复制到了tomcat/webapps/目录下面，结果却连通了，我不明白这个是什么问题，请赐教。