Linux集群的安装与并行计算

1.linux安装安装过程就不多说了。需要注意的是安装时，如果机群不与外界联网则可以不考虑安全方面的因素而把rsh选为可信赖的服务，注意安装相应 的软件包；如果还要与外界保持联网，出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后，应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都 应该能正常提供服务。主机名：node1...noden   (我所构建的系统n=2)

2.创建NFS服务在服务器节点public目录下建立mpi目录，并将其配置成NFS服务器，在/etc/exports文件中加入一行： /public/mpi     node1(rw)     node2(rw)在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行：sever   :/pubilc/mpi     nfs     rw   ,   bg   ,   soft     0   0将/public/mpi这个目录从服务器节点输出，并装载在各客户端，从而便于在各节点间分发任务

3.修改/etc/hosts文件，将所有节点名称极其ip地址填入。例如：127.0.0.1　localhost.localdomain   localhost192.168.1.1node1192.168.1.2　node2………….....每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是 使节点之间能够通过node1   ...   noden的名称相互访问。你可以通过ping noden或ssh noden进行测试。

4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节点对其它的 节点放权。例如，我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器，其他的节点是参与计算者，在node1的/etc/hosts.equiv文件是这样 的：node1   #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境node2.....noden在node2...noden的 /etc/hosts.equiv文件：node1   #对node1放权node2......noden

5.修改 "/.bash_profile文件首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节点上建立新用户chief，他 们的主目录都是/home/chief，必须采用同样的密码，将来的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，则必须把 a.out放在同样的路境内，比如 "/mpirun/a.out，每个节点都是如此。   修改 "/.bash_profile文件，主要是加入下列几行脚本：export   PATH=$PATH:/usr/local/mpich/binexport   MPI_USEP4SSPORT=yesexport   MPI_P4SSPORT=22export   P4_RSHCOMMAND=rsh   或ssh这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是用来通知mpi运行环境采用rsh (或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配置完毕了。

6.配置rsh   或ssh对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户，并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。若采用 ssh作为远程shell则按如下配置：以你设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行ssh-keygen，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在 "/.ssh/identity和 "/.ssh/identity.pub文件内。然后进行访问授权，运行：cp   "/.ssh/identity.pub   "/.ssh/authorized_keyschmod   go-rwx   "/.ssh/authorized_keysssh-agent   $SHELLssh-add在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点，ssh   noden，则在.ssh/下生成一个known_hosts2文件，里面放着访问该主机的密钥，把所有密钥收集起来，在各个节点上作同样的拷贝。这样做 的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。

7.开启各项必需的服务如果是以根用户root   登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv   实用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启rsh   ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv 并不出现ntsysvs实用程序。此时可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin,   rsh   ,telenet的设置。用vi编辑器打开xinetd.d:vi   /etc/xinetd.d则可看到如下所示的配置文件:
关于rsh的设置如下:
# default:   off
# description:   The   rshd   server   is   the   server   for   the   rcmd(3)   routine   and,   /
# consequently,   for   the   rsh(1)   program.     The   server   provides   /
# remote   execution   facilities   with   authentication   based   on   /
# privileged   port   numbers   from   trusted   hosts.service  
shell {              
        disable   =   yes              
        socket_type    =   stream            
         wait   =   no             
         user   =   root 
         log_on_success  =   USERID   
         log_on_failure  =   USERID             
        server    =   /usr/sbin/in.rshd
}
关于rlogin的设置如下:
# default:   off
#description:   rlogind   is   the   server   for   the   rlogin(1)   program.     The   server   /
#provides   a   remote   login   facility   with   authentication   based   on   /
#privileged   port   numbers   from   trusted   hosts.service  
login{
         disable   =   yes 
        socket_type   =   stream  
        wait   =   no         
        user  =   root       
        log_on_success   =   USERID     
        log_on_failure   =   USERID           
        server     =   /usr/sbin/in.rlogind }
关于telnet的设置如下:
# default:   off#   description:   The   telnet   server   serves   telnet   sessions;   it   uses   /
#   unencrypted   username/password   pairs   for   authentication.service  
telnet{disable   =   yesf
lags   =   REUSE
socket_type   =   stream
wait   =   no
user   =   root
server  =  /usr/sbin/in.telnetdlog_on_failure     =   USERID}

所有这些服务在安装完系统之后都是默认为禁用的，要进行修改来打开这些服务。如要通过修改启动telenet则就需要改disable =yes为disable = no。对于其他的服务的启动的修改与之相同。若启动这些服务则只需要简单执行：＃/etc/rc.d/init.d/xinetd   restart或重起计算机就可以使所作的更改生效。
C.在服务器节点编译、安装Fortran90编译器先将Fortran90（我用的是Intel 的）编译器拷贝至/tmp下，然后用tar  xvfz   fortran90.tar.gzj解压缩。运行./install选择你所要安装的类型，如果你的机器是基于IA－32,就选择：
1。如果你的机器是基于 Itanium(TM)-based   system就选择
2。如果要停止安装，就选择X。
选择过之后安回车进入下一步，此时会要求你选择:
1.   Intel(R)   Fortran   Complier   for   32-bit   Applications,Version   6.0   build   020312Z2.            
2.Linux   Applicationdebugger   for   32-bit   Applications,Version   6.0   buid   20020x.
 Exit按顺序选择1，2   。
最后选择X   完成安装并退出。

在选择完1之后会要求你看版权声明，输入Accept继续安装。默认的安装路径为/opt/intel,选择默认路径按Enter继续。 选2之后的情形与1相同。如果不注册可以用90天。D. 在服务器节点编译、安装mpich   1.2.3将mpich   1.2.4：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录下，放在/tmp下了。用 root用户登录进行编译安装。

1.   对mpich的安装进行预处理：首先，用tar   xvfz   mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.3目录。切换到mpich-1.2.3目录。运行预处理：./configure   --prefix=/usr/local/mpi                 --对应于用rsh进行远程登录的系统./configure   --prefix=/usr/local/mpi   -rsh=ssh           --对应于用ssh进行远程登录的系统这里我们通知编译系统mpich的安装位置为/usr/local/mpich，运行环境的远程shell为rsh 或ssh。
2.编译：make运行此命令后mpich软件包会自动编译形成MPI系统的函数库，需要数分钟的时间，根据不同的机器可以略有不同。
3.安装：make   install运行此命令可以将MPI软件包安装到由./configure   --prefix选项指定MPICH安装目录即/usr/local/mpi修改文件 /usr/local/mpi/share/util/machines/machines.LINUX。如下：node1ndoe2...... ndoen这一步是通知mpich运行环境都有那些节点可供集群计算。每个节点都这样输入一遍。4.测试安装是否正确     在/usr/local/mpi/examples/basics下编译cpi.c:     make   cpi用命令行：．．／．．／bin/mpirun   -np   2   cp运行。将会获得如下信息。Processes   0   on   node1Processes   1   on   node2……..………………..如果能正常运行即证明mpich软件包安装完全成功。