如何用 bash 命令将 fastq 转换为 fasta 格式文件？

能点进来看的都是同行，文件格式就不多说了，直接上命令行
来自 https://www.ecseq.com/support/ngs-snippets/convert-fastq-to-fasta-on-the-command-line

paste - - - - < file.fastq | cut -f 1,2 | sed 's/^@/>/' | tr "\t" "\n" > file.fa

上面的命令在 fasta 文件的 id 行里保留了所有信息。如果想在 fasta 文件的 id 行里只保留序列 id，可以加上

awk '{print $1}'

paste - - - - < file.fastq | cut -f 1,2 | sed 's/^@/>/' | tr "\t" "\n" ｜ awk '{print $1}' > file.fa

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