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python 读取dicom文件,生成info.txt和raw文件

2018-03-07 19:26 501 查看
目标:利用python读取dicom文件,并进行处理生成info.txt和raw文件

实现:通过pydicom读取dicom文件

代码:

import numpy
import pydicom
import os

# dicom文件所在的文件夹目录
PathDicom = '/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/'

# 筛选出文件夹目录下所有的dicom文件
lstFilesDCM = []
for dirName, subdirList, fileList in os.walk(PathDicom):
for filename in fileList:
if '.dcm' in filename.lower():
lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName, filename))

# Get ref file
RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0])

# Load dimensions based on the number of rows, columns, and slices (along the Z axis)
ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows), int(RefDs.Columns), len(lstFilesDCM))

# Load spacing values (in mm)
ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]), float(RefDs.PixelSpacing[1]), float(RefDs.SliceThickness))

# save info.txt
info = ConstPixelDims + ConstPixelSpacing
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/info.txt', 'w')
for n in info:
f.write(str(n)+' ')
f.close()

# According to location sorting
location = []
for i in range(len(lstFilesDCM)):
ds = pydicom.read_file(lstFilesDCM[i])
location.append(ds.SliceLocation)
location.sort()

# The array is sized based on 'ConstPixelDims'
ArrayDicom = numpy.zeros((len(lstFilesDCM), RefDs.Rows, RefDs.Columns), dtype=RefDs.pixel_array.dtype)

# loop through all the DICOM files
for filenameDCM in lstFilesDCM:
# read the file
ds = pydicom.read_file(filenameDCM)
# store the raw image data
ArrayDicom[location.index(ds.SliceLocation), :, :] = ds.pixel_array

# save raw
ds = ArrayDicom.tostring()
f = open('/home/lk/testdata/1.3.6.1.4.1.9328.50.1.42697596859477567872763647333745089432/1.raw', 'wb')
f.write(ds)
f.close()


代码编写过程遇到的问题及解决方法:

Problem one: pydicom版本问题。

pydicom1.x中读取dicom文件调用pydicom.read_file(filename);

pydicom0.9中读取dicom文件调用dicom.read_file(filename);

[b]Problem two:python中IO操作

(1)f = open(filename, mode)

其中filename为文件的路径, mode为操作标识符:‘r’ 表示读, ‘w’表示写,‘a’表示既可读又可写,‘b’表示二进制文件。

(2)f.write(value)

其中参数value必须是字符串类型的。

当然还有一些其他的问题,在这里就不细说了,多入坑才能学的多,切不可烦躁,代码就是要多敲才能得心应手,共勉。
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