Instant run会造成打包的apk中代码缺失，报java.lang.ClassNotFoundException

Instant run会造成打包的apk中代码缺失

最近在项目开发过程中，发现一个问题，运行apk老是报java.lang.ClassNotFoundException: Didn't findclass "com.****.***.activity.MyApplication" on path: DexPathList，通过反编译apk查看源码发现，apk里面的没有工程里面的代码，难怪会报找不到类的异常，可是为什么代码没有打包到apk里面呢，原来是android studio的Instant run功能搞得鬼，Instant run是android studio2.1上面新加的功能，传统情况下，我们修改程序后重新运行一次程序需要经历
代码重新编译 -> 停止程序 -> 重新安装 -> 重新启动 这样一个过程，而Instant Run则尝试只将程序变更的部分部署到手机上，尽量避免重新安装或重新启动程序，以此大大提升调试程序的效率，但是这个功能也带来的好多的坑，我遇到的上面的问题就是Instant run造成的，把该功能禁用，重新编译打包apk，在反编译apk发现项目的代码都在里面了，而且运行也不再报错。