R语言连接SQL数据库的两种方式配置过程记录

不是一切大树，都被暴风折断；不是一切种子,都找不到生根的土壤；不是一切真情，都流失在人心的沙漠里；不是一切梦想，都甘愿被折掉翅膀。

不是一切火焰，都只燃烧自己，而不把别人照亮；不是一切星星，都仅指示黑夜，而不报告曙光；不是一切歌声，都掠过耳旁，而不留在心上。

——舒婷《这也是一切》

R，数据库的安装与配置在此文中不再赘述

R连接SQL数据库的方法有许多种（基于不同的packages），例如RMySQL, RSQLite等是基于DBI方式连接数据库，也可以用RODBC方式来连接。

首先我为了测试是否能连接成功，我需要建一个数据库，本文CentOS 6.7环境，采用SQLite，首先在/home/emptyset/sqlite目录下建立一个新数据库

test.db

$ sqlite3 /home/emptyset/sqlite/test.db

于是进入了sqlite3命令行，接下去建立一张测试表，插入一行数据

sqlite> CREATE TABLE dt_user (
...> id INTEGER PRIMARY KEY AUTOINCREMENT NOT NULL,
...> account CHAR(20) NOT NULL,
...> name CHAR(10) NOT NULL
...> );
sqlite> .tables
dt_user
sqlite> INSERT INTO dt_user (account,name) VALUES ('21324784@qq.com','Wen Gu');
sqlite> SELECT * FROM dt_user;
1|21324784@qq.com|Wen Gu

嗯，现在数据已经插入成功了。

1 DBI方式连接数据库

接下去我们直接打开R语言命令行，在命令行下，我们需要安装RSQLite包——

install.packages('RSQLite')

注意这里的

RSQLite

是大小写敏感的，然后它会提示你选择下载的镜像，在这里选择镜像的时候，有些镜像可能会连不上……自己多找几个试试，我最后是在http mirrors里头选择20找了个国内的节点，总算是安装成功了。

> library(RSQLite)
Loading required package: DBI
> conn <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname="/home/emptyset/sqlite/test.db");
> dbListTables(conn)    #查看tables
[1] "dt_user"         "sqlite_sequence" "sqlite_stat1"
> dbListFields(conn, 'dt_user')    #查看dt_user表的字段名
[1] "id"      "account" "name"
> user <- dbGetQuery(conn, "SELECT * FROM dt_user WHERE id>0")
> user
id         account   name
1  1 21324784@qq.com Wen Gu

DBI方式连接成功啦~同理可以用RMySQL等等其他包来连接相应数据库

2 RODBC连接数据库

> install.packages('RODBC')    #安装RODBC包

结果出错了！提示

In install.packages("RODBC") :
installation of package ‘RODBC’ had non-zero exit status

原因是没有安装unixODBC，在CentOS下可以通过yum安装

yum install unixODBC unixODBC-devel libtool-ltdl libtool-ltdl-devel

安装完以后重新进入R成功安装RODBC。随后我们需要为不同的数据库安装不同的ODBC驱动，以SQLite为例，这里就遇到了不少的坑，首先是国内的墙导致SQLite的ODBC很难下载，实在不行的考虑翻墙

wget http://www.ch-werner.de/sqliteodbc/sqliteodbc-0.9992.tar.gz  #下载sqliteODBC驱动包
tar xvfz sqliteodbc-0.9992.tar.gz    #解压
cd sqliteodbc-0.9992.tar.gz    #进入目录
./configure

结果……出错了，提示

No usable SQLite header/library on this system

，一番google后知道原来是没有装sqlite-devel，不难解决，可以用yum安装

yum install sqlite-devel

随后继续刚才的编译工作——

./configure
make
sudo make install

好了，至此软件已经装完了。接下去要对ODBC进行一下配置，对于SQLiteODBC的配置说明，我们可以在这里找到

http://ch-werner.de/sqliteodbc/html/index.html

第一步：将驱动添加到配置文件

ODBC的配置文件在

/etc/odbcinst.ini

，vim打开它

vim /etc/odbcinst.ini

在文件尾部加上

[SQLite]
Description=SQLite ODBC Driver
Driver=/usr/local/lib/libsqlite3odbc.so
Setup=/usr/local/lib/libsqlite3odbc.so
Threading=2

第二步：配置DSN数据源

vim ~/.odbc.ini

注意，方括号里的

mysqlitedb

就是数据源的名字，待会儿用它就可以连接到下面对应的/home/emptyset/sqlite/test.db

[mysqlitedb]
Description=My SQLite test database
Driver=SQLite
Database=/home/emptyset/sqlite/test.db
# optional lock timeout in milliseconds
Timeout=2000

——至此SQLite的ODBC已经配置完了，测试一下：

isql mysqlitedb
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+

连接成功。让我们进入R试一下吧

> library(RODBC)
> conn <- odbcConnect("mysqlitedb")
> result <- sqlQuery(conn, "SELECT * FROM dt_user")
> result
id         account     name
1  1 21324784@qq.com   Wen Gu

搞定。